Werner Ruppitsch ist seit April 2025 als Professor für Antibiotikaresistenzen und mikrobielle Genomik am Institut für Hygiene und Medizinische Mikrobiologie tätig. Der gebürtige Kärntner hat in Graz und Innsbruck Biologie studiert und in der Folge seine Doktorarbeit an der Freien Universität Berlin zur Fanconi-Anämie, eine seltene genetische Erkrankung, verfasst. 2000 kehrte er nach Österreich zurück, wo er bei der Bundesagentur für Gesundheit und Lebensmittelsicherheit (AGES) maßgeblich am Aufbau einer der größten Genomdatenbanken mit 25.000 Listeriengenomen (Stand: 2025) beteiligt war und sich darüber hinaus hauptsächlich mit der Sequenzierung, Typisierung und Diagnostik von Bakterien beschäftigte. An der Medizinischen Universität Innsbruck fokussiert er sich verstärkt auf die Erforschung von Antibiotika resistenten Keimen, Krankenhauskeimen und die Erfassung, Sequenzierung und Typisierung von Mikroorganismen unter Zuhilfenahme der Künstlichen Intelligenz.