Francesco Ferraguti ist Direktor des Instituts für Pharmakologie an der Medizinischen Universität Innsbruck. Er schloss 1987 sein Medizinstudium an der Universität Modena (Italien) ab und absolvierte dort eine Facharztausbildung in klinischer Ernährung. Nach einer Weiterbildung am Karolinska Institutet (Schweden) und der Universität Modena trat er 1991 als Forscher in das Glaxo Medicines Research Centre in Verona (Italien) ein. Von 1993 bis 1997 leitete er dort das Molekularpharmakologie-Labor. 1998 wechselte Ferraguti nach Großbritannien, zunächst als Senior Research Associate an die Universität Cambridge und 2000 zur MRC Anatomical Neuropharmacology Unit an der Universität Oxford. 2003 wurde er Assistenzprofessor und später Professor für Neuropharmakologie an der Medizinischen Universität Innsbruck. Von 2011 bis 2023 leitete er hier die Abteilung für Pharmakologie. Seit November 2023 hat er zudem eine Teilzeitprofessur an der Universität Modena und Reggio Emilia (Italien) inne. Er ist Mitglied der DANA-Stiftung und war von 2020 bis 2022 Präsident der Österreichischen Neurowissenschaftlichen Gesellschaft.
Seine Forschung konzentriert sich auf die Struktur und Funktion metabotroper Glutamat-Rezeptoren sowie auf neuronale Mechanismen der emotionalen Informationsverarbeitung. Zudem ist er im Wissenschaftlichen Beirat des Österreichischen Wissenschaftsfonds tätig.