Andreas Mayer hat an der Ludwig-Maximilians-Universität (LMU) in München Biologie studiert und sein Doktoratsstudium am Genzentrum der LMU mit summa cum laude abgeschlossen. Anschließend war er als Postdoktorand im Department für Genetik an der Harvard Medical School in den USA tätig. Er ist seit dem 1. Januar 2017 unabhängiger Forschungsgruppenleiter (W2) am Max-Planck-Institut für molekulare Genetik in Berlin. Seit dem 1. August 2025 ist er Professor für RNA Biologie und Genomik sowie Direktor des gleichnamigen Instituts am Biozentrum der Med Uni Innsbruck. Seine interdisziplinäre Forschung beschäftigt sich mit der grundlegenden Frage, wie die Erbinformation im Genom des Menschen ausgelesen und umgesetzt wird, und wie Fehler in diesen fundamentalen Prozessen zu Leukämien und neuronalen Entwicklungsstörungen führen. Sein Team bedient sich vor allem Methoden der RNA Biologie, der funktionellen Genomik, der molekularen Genetik sowie der hochauflösenden Mikroskopie.