Gert Mayer hat Humanmedizin an der Medizinischen Fakultät der Universität Wien studiert. Nach seinem Studium absolvierte er zunächst die Facharztausbildung für Innere Medizin (Additivfacharzt für Nephrologie) am Universitätsklinikum AKH Wien und forschte anschließend, ausgestattet mit einem Max Kade Stipendium der ÖAW, an der Stanford University in den USA. Ab 1997 konnte er zudem eine Reihe von FWF- und EU-Projekten einwerben. Mayer war unter anderem Mitglied des Obersten Sanitätsrats, Präsident der Österreichischen Gesellschaft für Innere Medizin, der Österreichischen Gesellschaft für Nephrologie, der Österreichischen Gesellschaft für Hypertensiologie und Council Member der European Renal Association (ERA). Er verfügt über besondere Expertise in den Bereichen chronische Nierenerkrankungen, Systembiologie und Computational Disease Modelling. Von 2008 bis 2025 war er Direktor der Universitätsklinik für Innere Medizin IV (Nephrologie und Hypertensiologie) in Innsbruck. Seit 1. Oktober 2025 leitet Mayer als Rektor die Medizinische Universität Innsbruck.