Wolfgang Prodinger schloss 1987 das Studium der Medizin in Innsbruck mit der Promotion ab. Ab 1988 war er als Universitätsassistent am Institut für Hygiene der damaligen Medizinischen Fakultät der Universität Innsbruck tätig. 1999 habilitierte er sich an der Universität Innsbruck in Hygiene, Mikrobiologie und Präventivmedizin. Prodingers Interesse an der Weiterentwicklung der Lehre wurde durch seine Mitarbeit an der Studienreform Humanmedizin (neues Curriculum 2001) geweckt und in der Folge mit der Absolvierung des Studiengangs Master of Medical Education (MME) an der Universität Bern verstärkt.An der neu gegründeten Medizinischen Universität Innsbruck sammelte Wolfgang Prodinger ab 2004 durch Mitarbeit in verschiedenen Gremien breite akademische und administrative Erfahrung, etwa in der Curricularkommission, deren Vorsitz er mehrmals inne hatte, sowie als Studiengangsleiter der Studienrichtung Humanmedizin und als fachlicher Leiter des Skills Lab. Mit Oktober 2021 wurde Wolfgang Prodinger zum Vizerektor für Lehre und Studienangelegenheiten der Medizinischen Universität Innsbruck für die Rektoratsperiode bis 2025 bestellt. Seit 1. Oktober 2025 führt er diese Funktion unter dem neuen Rektor Gert Mayer weiterhin aus.